En la noche del 22 de septiembre de 1846 la Colegial sufrió un espectacular incendio que fue descrito por Rafael Monje en “El Semanario Pintoresco Español”. Al comenzar, las campanas de la iglesia anunciaron el fuego, que prendió en la madera del órgano sin que el artífice que lo afinaba lo descubriera en principio. Pero pronto el incendio era evidente y la voracidad de las llamas provocó el pánico. Las señoras se apresuraron a salvar las ropas, las colgaduras y los objetos de oro y plata y las portezuelas de los relicarios eran rotas a hachazos. El vidrio de las ventanas estalló, los objetos metálicos se deshacían y el humo provocaba la tos de los operarios, pero el sacerdote guardó la calma y aunque sus vestidos comenzaron a arder, pudo salvar el cáliz. Tres horas y media después acabó la catástrofe, los daños fueron cuantiosos.
