En 1881 la monumental Puerta de Mérida, que se situaba en la calle de San Clemente, fue derribada sin contemplaciones. De nada sirvió el hecho de ser una de las más hermosas y monumentales puertas de la ciudad, cuya antigüedad algunos expertos remontan a los romanos, aunque el estilo que más destacaba era el califal.
Con los restos de esta puerta que daba acceso al camino que llevaba a Extremadura, se comenzó la construcción del muro del actual cementerio en 1883. De la puerta aún queda parte de un lateral junto a la llamada Casa de la Panadería.